Los Transformadores de Tesla trabajan con altos voltajes y altas corrientes y al operarlos es importante considerar algunas medidas de seguridad mínimas para no correr riesgos de electrocución o quemaduras. Muchas son resultado de aplicar el sentido común, otras no lo son tanto. A continuación las enumero.

• Las Bobinas de Tesla funcionan con corrientes eléctricas de alto voltaje a alta potencia, advertencia lo suficientemente clara como para hacer entender a uno lo que acaba de crear es peligroso. Nunca deben manipularse mientras estén energizadas.
• Las Bobinas de Tesla producen descargas eléctricas que viajan en todas direcciones de forma impredecible. Para evitar ser alcanzado por un arco simplemente hay que mantenerse a una distancia adecuada. A mayores potencias más grandes son las descargas y se necesita de un mayor espacio para garantizar nuestra propia seguridad.
• Nunca se debe emplear una Bobina en un sitio con el suelo húmedo. Esto aumenta la conductividad del mismo y representa un peligro de muerte en caso de que accidentalmente se entre en contacto con las descargas del secundario.
• Las descargas del secundario no son el único riesgo presente. Como sabemos estos aparatos emplean voltajes suministrados por un transformador convencional de alto voltaje, que trabaja a 50 - 60Hz y que da de 9 a 15KV RMS de corriente alterna. Quizá esto no es muy obvio pero es más peligroso una descarga del transformador que ser alcanzado por una descarga de la Bobina. ¿Por qué? La corriente eléctrica del transformador es continua todo el tiempo, tiene forma senoidal y su frecuencia es de 50 - 60Hz. En cambio la corriente en el secundario es continua y de alta frecuencia (KHz) pero solo durante pequeños intervalos de tiempo, del orden de microsegundos, y el resto del tiempo es nula. Es precisamente la duración de la corriente eléctrica lo que hace más peligroso al transformador de alto voltaje. Por lo general los transformadores de alto voltaje tienen sus terminales descubiertas (en particular los transformadores para neón) y un contacto accidental siempre es posible.
• Aunque la frecuencia de las corrientes que circulan el Secundario es de cientos de miles ciclos por segundo (KHz) no son inocuas para el ser humano. Los nervios no detectan estas corrientes de tan alta frecuencia más puede haber daño a los tejidos internos, como quemaduras. Todas esas imágenes antiguas y muchas otras actuales mostrando gente que literalmente juega con Bobinas de Tesla sin sufrir ningún daño son pura fantasía. Estos aparatos no son juguetes. Aunque uno puede divertirse con ellos con la debida precaución.

• El circuito primario representa el mayor peligro pues tiene un capacitor de alto voltaje que almacena cargas a voltajes tan altos o incluso mayores a los del transformador. Las descargas del capacitor de alto voltaje son pulsos de corta duración pero de altísima intensidad, comúnmente más de 200 A. Incluso aún desconectado el capacitor puede almacenar suficiente carga para producir un choque muy doloroso. Es imperativo que los capacitores sean completamente descargados antes de manipularlos y bajo ninguna circunstancia se debe entrar en contacto con este circuito mientas la bobina se mantenga en operación.
• El capacitor se descarga a través del explosor y produce arcos muy brillantes, de luz blanca muy intensa. El arco es similar al producido por una planta para soldar. Además se genera radiación ultravioleta que puede quemar la retina. Nunca deben mirarse directamente los arcos producidos en el explosor.
• Los capacitores de cualquier tipo pueden explotar. No todos representan un peligro, como los capacitores de polipropileno o cerámicos en un arreglo MMC. Sin embargo los capacitores de alto voltaje llenos con aceite mineral si pueden ser peligrosos y pueden explotar violentamente. El aceite mineral no es especialmente flamable pero cuando se forma un arco interno en el capacitor puede encenderse y provocar una explosión por la presión interna generada por el gas producto de la combustión del aceite.
• Las descargas eléctricas de cualquier tipo producen ozono, un gas bien conocido por todos ya que forma esa capa que protege a la Tierra de la radiación ultravioleta. Pero el ozono es dañino para los seres vivos cuando se encuentra en la parte baja de la atmósfera, muy cerca de la superficie. Usualmente cuando se experimenta con Bobinas de Tesla se produce mucho ozono el cual es irritante y con un olor muy desagradable. El lugar de experimentación debe tener una ventilación adecuada para evitar la intoxicación por inhalación de ozono.
• La naturaleza misma de los Transformadores de Tesla los convierte en poderosas fuentes de interferencia electromagnética (EMI por sus siglas en inglés). Esta interferencia puede propagarse a través de los mismos cables de alimentación, "regresando" a la línea casera y posiblemente dañando aparatos electrónicos. También esta interferencia se transmite en forma de ondas de radio que pueden ser captadas por antenas aéreas y que producen efectos negativos en la señal ya sea de radio o de TV (aparecen "fantasmas"). El mayor problema de la interferencia es que puede afectar el funcionamiento de dispositivos eléctricos y electrónicos de otras personas y provocarles molestias. Por estas razones es necesario eliminar hasta donde sea posible cualquier tipo de interferencia. En las líneas eléctricas se emplean filtros de radiofrecuencia (filtros EMI - RFI). La interferencia en forma de ondas de radio difícilmente se elimina pues habría que aislar eléctricamente al sistema entero.
• No es necesario acercar electrónicos a una Bobina de Tesla para comprobar que pueden terminar inservibles. Solo es sentido común: no se deben acercar ningún tipo de aparatos electrónicos a las Bobinas de Tesla. La mayoría de las veces basta con introducirlos en una zona donde la intensidad del campo electromagnético producido por la bobina sea muy grande para destruirlos. No es necesario una descarga directa.
• La tierra física que absorbe la corriente de base del secundario debe ser independiente de la tierra física de las línea de distribución casera. ¿Por qué? Como sabemos la tierra física del hogar está conectada con todos los aparatos caseros: electrodomésticos, electrónicos, lámparas, etc. ¿Por qué razón conectarlos al secundario de nuestra Bobina si ya sabemos que voltajes y corrientes están presentes en él? Conectar el secundario a la tierra física común pone en riesgo todos los aparatos conectados a la red eléctrica. De allí que deban ser independientes las dos tierras.
• Toma en cuenta que los Transformadores de Tesla son muy ruidosos, TAN RUIDOSOS QUE SON INSOPORTABLES. Es imperativo usar protección para los oídos, como orejeras acolchonadas. Si no se cuenta con estas, basta con usar fragmentos de algodón en el pabellón de los oídos (parte externa, nunca interna). Esto suprime muy bien las frecuencias agudas, que son las que más emiten estos dispositivos.